从原料到餐桌的每个环节都有可能存在食品安全风险，这不仅需要从技术、法律、管理方面来解决，还需要社会多层面的齐抓共管。消费者通常注重终端食品的安全，事实上，致病微生物已成为导致食品安全风险增加和食品安全问题产生的重要原因之一。
消费者希望食品既安全，又好吃，起码品质要好。这要求食品加工行业一要做到保障安全的基本要求，二要对品质有追求，食品要好吃、好看、好闻，甚至营养俱佳。
在食品生产的全产业链过程中，影响食品安全的因素有化学、物理和生物因素。其中，化学因素是主要影响因素，包括非法添加物、重金属污染、滥用食品添加剂、有机污染物、农兽药残留、加工有害物等。另外，在食品生产过程中，每个环节也可能产生新的有毒有害物质。
除了化学因素，引发食品安全风险更多是生物因素的影响，包括生物毒素、过敏原、致病菌等。某些蔬菜没炒熟，就会产生生物毒素;微生物可污染水果、玉米、花生等，造成食物霉烂;腐烂食品会由于霉菌的生长而产生毒素，如果牛奶被检测到黄曲酶毒素，原因可能是奶牛吃了腐烂变质的玉米，毒素在食物链中进行了传递。
过敏原则与环境、食物的改变有关。食物中存在不同的过敏原，消费者产生过敏情况也属食品安全问题。同时，很多微生物致病菌其本身就能导致食品安全问题，如沙门氏菌、变形杆菌、大肠杆菌等。此类微生物在环境中广泛存在，其浓度大小、基因突变的程度，导致其致毒的程度不同。
数据显示，我国微生物污染造成的食品腐败变质占食品产业产值的10%—20%，70%的儿童食物中毒是由致病微生物引起。
致病微生物导致的食品安全问题是全球性的。在国外，食品安全问题更多是由微生物致病菌导致。而在我国，由于很多菜品需要高温加工，经过蒸煮后，微生物污染情况大大降低。但据国家卫计委统计数据显示，近10年，食源性致病微生物是引起食源性中毒的主要原因，同时也是我国食品安全的核心问题。有毒动植物是食物中毒事件的主要原因，引起的食物中毒事件报告起数和死亡人数最多，病死率最高。
现阶段，食品微生物检测仍然是公众
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